Οι μικροβιολογικές εξετάσεις επικεντρώνονται στην ανίχνευση και στη μελέτη των μικροοργανισμών, με βάση τις διαφορετικές τους ιδιότητες και τις κλινικές τους εκδηλώσεις.

Κυριότερες εξετάσεις είναι οι καλλιέργειες βιολογικών δειγμάτων (ούρα, κόπρανα, κολπικά – τραχηλικά υγρά, σπέρμα, υγρό τραύματος, σίελος, δερματικές βλάβες κλπ), η εκτέλεση δοκιμής ευαισθησίας σε μια ευρεία γκάμα αντιβιοτικών (αντιβιόγραμμα) και η αναζήτηση παρασίτων σε διάφορα θρεπτικά υλικά ή υπό μικροσκόπιση. Η καλλιέργεια κλινικών δειγμάτων είναι χρονοβόρα διαδικασία και ολοκληρώνεται συνήθως σε 24 με 48 ώρες.